包装材料（桶、瓶、盖）的不卫生是造成食品的微生物污染的重要原因，食品的内容物因容器和附件而污染微生物的情况是屡见不鲜的，容器生产厂家的卫生环境未必能保证容器在生产、贮存和运输过程中的清洁卫生，故包装容器在使用前应进行清洁和消毒处理。
蚊、蝇及蟑螂等各种昆虫也都携带有大量的微生物，其中可能有多种病原微生物，它们接触食品同样会造成微生物的污染。
微生物污染主要有细菌与细菌毒素、霉菌与霉菌毒素以及病毒等的污染。出现在食品中的细菌除包括可引起食物中毒、人畜共患传染病等的致病菌外，还包括能引起食品腐败变质并可作为食品受到污染标志的非致病菌。病毒污染主要包括肝炎病毒、脊髓灰质炎病毒和口蹄疫病毒等污染，而其他病毒不易在食品上繁殖。
食品生物污染源是含有微生物的土壤、水体、飘浮在空中的尘埃、人和动物的胃肠道、鼻咽和皮肤的排泄物它们或直接污染食品，或经由人、鼠、昆虫、加工设备、用具、容器、运输工具等间接污染食品。如果动、植物感染患病，则以这种动、植物为原料加工制成的食品，也会含有大量微生物，这称为原始性污染。
1、药厂平时单一的空气过滤 并不能完全控制微生物， 应该对空气进行定期消毒 。空气消毒通用的方法有紫外线直接照射、 臭氧消毒、 喷撒消毒剂 、 静电吸附等技术。在使用消毒剂时要考虑耐药性， 并采取至 少两种方式的组合消毒法。
月4日，媒体报道了“湖南省株洲县的一家药企将超标废水偷排湘江，当地群众多次举报无果”的新闻，引起社会较大关注。报道播出后，株洲县委县政府高度重视，责令株洲松本药业立即停产，对超标偷排的违法行为进行行政处罚，企业涉嫌违法的相关责任人已依法移送公安机关处理。